Vuotaessaan maaperän tai pohjaveden saastumisvaaran aiheuttavien aineiden turvallinen käsittely on Škoda Autolle erittäin tärkeää. Tekniikan salliessa yritys suosii aina mahdollisimman vaarattomia aineita ja pyrkii minimoimaan jokaista valmistettua autoa kohti kulutettavan vesimäärän. Uudelleenkäytetyn kierrätysveden määrä on yli 45 prosenttia kokonaisvedenkulutuksesta.

Jätehuollon suhteen yritys noudattaa tiukasti jätehuoltohierarkiaa pyrkien ennen kaikkea ehkäisemään jätteiden syntymistä. Jos jätettä syntyy, se toimitetaan ensisijaisesti hyödynnettäväksi materiaalien ja energian tuotannossa. Näiden toimien tuloksena Škoda Auton Tšekin tasavallassa sijaitsevien tehtaiden tuotannosta ei toimitettu jätettä kaatopaikalle vuonna 2020.

Škoda Auton toiminnassa käytetystä sähköstä yli 60 prosenttia on peräisin uusiutuvista energialähteistä yrityksen ostaessa sähköä päästöttömyyssertifikaatilla. Yritys hyödyntää myös omatuotantoista sähköä, jota saadaan biomassan poltosta Mladá Boleslavissa sijaitsevasta Ško-Energo-lämmöntuotantolaitoksesta. Vuosien 2010 ja 2020 välisenä aikana biomassalla korvattiin kolmannes fossiilisten polttoaineiden kulutuksesta ja säästettiin yli 200 miljoonaa tonnia hiilidioksidia. Škoda Auto edistää sähköllä liikkumista ilmanlaadun parantamiseksi. Vuoteen 2030 mennessä sähköautojen osuus mallistostamme on arviolta 50–70 prosenttia. Yhtiötasolla sähköautojen osuuden on määrä kasvaa 40 prosenttiin vuoteen 2030 mennessä. Škoda Auto on panostanut ja panostaa myös tulevaisuudessa ympäristö- ja ilmastovastuulliseen liikkumiseen myös autotuotannon ulkopuolella. Yritys investoi organisaation sisäisen latausinfrastruktuurin kehitykseen toteuttamalla lähes 1 500 latauspistettä vuoteen 2022 mennessä.