Škoda-tarina alkoi kaksipyöräisenä: innokkaat pyöräilijät Václav Laurin ja Václav Klement päättivät tehdä yhteisestä harrastuksestaan uran. He alkoivat valmistaa Slavia-merkkisiä polkupyöriä. Tuotemerkki yhdistettiin laatuun ja edistyksellisyyteen. L&K-tehtaasta tuli varsin nopeasti maan toiseksi suurin polkupyörävalmistaja.
Neljä vuotta myöhemmin L&K alkoi valmistaa polkupyöriä, joissa oli apumoottori. Moottoroiduista pyöristä tuli nopeasti suosittuja. Niillä voitettiin useita palkintoja, ja niistä tuli nuoren yrityksen tuotannon toinen tukipilari. Mladá Boleslavissa valmistetut moottoripyörät olivat erittäin haluttuja sekä kotimaassa että ulkomailla.
Menestyksensä rohkaisemina Laurin ja Klement nousivat neljälle pyörälle ja esittelivät ensimmäisen autonsa, Voiturette A:n. Se oli järkevän hintainen, käytännöllinen ja luotettava. Pieni 7-hevosvoimainen auto oli alkusysäys L&K-yrityksen mainiolle kehitykselle, jonka myötä markkinoille tuotiin monia hyvin menestyneitä malleja.
Vuonna 1924 tulipalo tuhosi L&K-tehtaan osittain. Sen seurauksena yritys sulautui suureen plzeňiläiseen Škoda-teollisuusyhtymään. Laurin & Klement -niminen yritys lakkasi olemasta. Koko 1900-luvun ajan, läpi kahden maailmansodan ja sosialismin aikakauden talouden, Škoda jatkoi laadustaan tunnettujen autojen valmistamista.
Maaliskuussa 1991 Škoda solmi yhteistyösopimuksen Volkswagenin kanssa. Sen myötä yrityksen nimi muuttui Škoda Auto -osakeyhtiöksi. Kolme vuotta Volkswageniin yhdistymisen jälkeen markkinoille tuotiin Škoda Felicia. Yhteistyö Volkswagenin, Euroopan suurimman autonvalmistajan, kanssa vei tuotannon uudelle tasolle.
Octavia oli ensimmäinen automalli, joka kehitettiin täysin puhtaalta pöydältä rautaesiripun murtumisen ja Volkswageniin yhdistymisen jälkeen. Se oli ratkaiseva sysäys kohti Škodan kehittymistä kansainvälisesti merkittäväksi autonvalmistajaksi. Vuoteen 2024 mennessä Škoda Octavioita on valmistettu jo yli seitsemän miljoonaa kappaletta, ja määrä jatkaa kasvuaan.
Škoda käynnisti vuonna 2016 vahvan panostuksen katumaastureiden nopeasti kasvavaan segmenttiin. Tätä ennen Škoda Yeti oli jo hyvin menestynyt kyseisessä segmentissä. Ensimmäinen katumaasturistrategian malli oli Škoda Kodiaq, jota varsin pian seurasi Škoda Karoq.
Konseptiautomallin Vision E myötä Škoda antoi esimakua tulevaisuuden autoilusta sähkön voimalla. Viisiovisen coupé-katumaasturin toimintamatka sähköllä oli jopa 500 km ja se täytti autonomisen ajon tason 3 vaatimukset.
Škoda siirtyi sähköllä ajamisen aikakaudelle ladattavien hybridimallien Superb iV ja Octavia iV, sekä täyssähkömallin Citigoe iV lanseerausten myötä vuonna 2019. Vuonna 2020 ensiesiteltiin ensimmäinen puhtaasti täyssähköautoksi suunniteltu katumaasturi Škoda Enyaq.
Seitsemänpaikkaisen Vision 7S -konseptiauton esittely tarjosi ensivaikutelmat Škodan uudesta muotokielestä, jossa yhdistyvät Škodan perinteiset brändiarvot vankkuus, toimivuus ja autenttisuus. Samaan aikaan esiteltiin myös uusi brändi-identiteetti, mukaan lukien logo ja värit.