Huhtikuussa 1996 esiteltiin täysin uusi automalli Škoda Octavia. Kolme vuotta myöhemmin markkinoille tuotiin Škoda Fabia, ja vuonna 2001 uusi ylemmän keskikokoluokan ylellinen automalli Škoda Superb. Tehtaat Venäjälle, Kiinaan ja Intiaan rakennettiin.
Mladá Boleslavin tehtaalta valmistui miljoonas Škoda Volkswagen-konserniin liittymisen jälkeen. Škoda Octavia esiteltiin. Tämä uuden ajan toinen mallisarja viitoitti tietä Škodan tuleviin menestyksen vuosiin.
Ensimmäistä kertaa Škoda valmisti vuodessa yli 400 000 autoa, joita vietiin 70 maahan.
Škoda lähti mukaan rallin maailmanmestaruussarjaan (WRC). Frankfurtin kansainvälisessä autonäyttelyssä esiteltiin täysin uusi Škoda Fabia, josta vuotta myöhemmin tuli markkinoille myös farmarimallinen Fabia Combi.
Škoda perusti Mladá Boleslaviin TŠekin tasavallan ensimmäisen yrityksen ylläpitämän yliopiston: Škoda Auto University.
Škoda Octavia RS oli Škodan nopein sarjatuotantoauto. Škoda esitteli uuden ylellisen automallin, joka historiasta tunnetulla mallinimellä Superb jatkoi vuosina 1934‒1949 valmistetun tyylikkään ja kookkaan auton perintöä. Škoda avasi Intian Aurangabadiin ensimmäisen eurooppalaisen autonvalmistajan tehtaan.
Fabia WRC ensiesiteltiin Geneven autonäyttelyssä.