Kauan odotettu, täysin uusi automalli Škoda Favorit tuli tuotantoon vuonna 1987. Maaliskuussa 1991 Škoda solmi yhteistyösopimuksen Volkswagenin kanssa. Yritys sai myös uuden nimen - Škoda, autoteollisuusosakeyhtiö.
Favorit-mallin tuotanto käynnistettiin. Siirtyminen moderniin etumoottoriseen, etuvetoiseen ja isotakaluukkuiseen autoon tapahtui ennätysajassa. Tyylikkään korin piirsi italialainen muotoilija Nuccio Bertone.
Škoda Favorit tuotiin myyntiin, ja siitä tuli menestys sekä Tšekkoslovakiassa että ulkomailla.
Sisä- ja ulkopoliittisen tilanteen muututtua vuonna 1989 Škoda alkoi etsiä vahvaa ulkomaista kumppania avuksi muuttamaan Škodan keskusjohtoisen suunnitelmatalouden ajasta markkinaehtoisesti ja kansainväliseksi toimivaksi yritykseksi. Joulukuussa 1990 Tšekin tasavalta valitsi kumppaniksi Volkswagenin.
Yhtiö nimeltä Škoda automobilová a. s. aloitti toimintansa ja liittyi Volkswagenin, Audin ja Seatin rinnalle Volkswagen-konsernin neljänneksi automerkiksi.
Tuotannon laadun systemaattiset parantamistoimenpiteet olivat käynnissä, ja kaikkiin Škoda-automalleihin tuli yksipisteruiskutus ja säädelty kolmitoimikatalysaattori.
Yli miljoona kappaletta valmistetun Škoda Favoritin korvasi uusi Felicia, ensimmäinen Volkswagen-yhteistyössä kehitetty automalli. Vuoteen 2001 mennessä Škoda valmisti Felicioita yli 1,4 miljoonaa kappaletta.
Mladá Boleslavin tehtaalla muurattiin uuden tuotantoyksikön peruskivi. Uusissa tiloissa tultaisiin valmistamaan uutta perheautokoluokan Octaviaa.