1950-luvun automalleihin lukeutui Škoda Felicia, jonka kysyntä oli huomattavasti tuotantokapasiteettia suurempi. Tehdaslaitosten laajamittainen nykyaikaistaminen käynnistettiin 1960-luvun alussa, ja vuonna 1964 tehtaan tuotantolinjoilta valmistui ensimmäinen täysin erilainen uusi Škoda 1000 MB.
Škoda uudisti mallisarjansa 440, 445 ja 450. Automallit saivat uudet nimet: Octavia, Octavia Super ja Felicia.
Vuodelta 1922 peräisin olevaa tšekkiläistä patenttia käyttäen Škoda rakensi uusia automallejaan varten alumiinipainevalu-tuotantolinjan. Siten Škodalla oli tuolloin käytössään Euroopan nykyaikaisin valimo. Škoda 1000 -mallin moottori oli ensimmäinen sarjatuotantomoottori, jossa oli alumiinipainevalettu sylinteriryhmä. Lukuisten parannusten ja modernisointien myötä tätä moottoria valmistettiin lähes 40 vuotta. Yksi aikansa parhaista yksilitraisista autoista eli takamoottorinen Škoda 1000 MB esiteltiin. Se oli Popular-mallin seuraajamalli, jonka hinta, käyttöarvo ja käyttökustannukset muodostivat mainion paketin.
Škodan ensimmäiset maasturimallit Trekka ja Skopak tehdään Uudessa-Seelannissa, Pakistanissa ja Turkissa. Näiden automallien osat toimitettiin Mladá Boleslavin tehtaalta, ja autojen kokoonpano tehtiin kyseisissä maissa Škodan insinöörien avustuksella.