Vuonna 1936 tehdas ylsi merkittävimmäksi autonvalmistajaksi kotimaan markkinoilla ja alkoi menestyä myös ulkomailla. Toisen maailmansodan alla Saksa miehitti Tšekkoslovakian, ja autotehtaan tuotanto keskitettiin palvelemaan Saksan armeijan tarpeita. Tehdas pommitettiin sodan lopussa.
Škoda ajoi toiseksi Monte Carlon rallissa autolla Popular Sport, joka myöhemmin tunnettiin malliversionimellä Monte Carlo. Popularilla voitettiin ralleja myös Afrikassa, Balkanilla ja Uruguayssa. Mallistoa laajennettiin keskikokoluokan mallilla Škoda Favorit.
Škoda Popular 995 esiteltiin. Tämä Škoda koko kansalle -automalli sai tšekinkielisen lempinimen ‘Liduška’, joka juontaa sanasta ‘lidový’ (kansan). Siviiliautomallien tuotanto jäi täysin sivuosaan, kun toinen maailmansota puhkesi. Koko Škoda-teollisuusyhtymää hallinnoi silloin Reichswerke Hermann Göring AG.
Autotehdas siirtyi sotatuotantoon. Aseiden osien lisäksi tehtiin lähinnä erilaisia vaunuja ja kärryjä, nelivetoisia ajoneuvoja sekä raskaita RSO-vetotraktoreita.
Ensimmäiset uudistetut Škoda Popular-autot valmistuivat pahoin vaurioituneelta Mladá Boleslavin tehtaalta. Sosialistinen hallinto alkoi ohjata valtiontaloutta. Keväällä 1945 kansallistettiin kaikki suuret yritykset, mukaan lukien Škoda-teollisuusyhtymä Pilsenissä ja ASAP-osakeyhtiö Mladá Boleslavissa.